Lubelszczyzna

W 1938 został powołany do służby wojskowej w 1 pułku artylerii lekkiej Legionów w Wilnie. Brał udział w wojnie obronnej 1939, w stopniu kaprala, lub według innej wersji w stopniu podporucznika rezerwy. Dostał się do niewoli 24 września 1939 i został osadzony w obozie jenieckim w Oświęcimiu. Dwa tygodnie później został umieszczony w Stalagu IVA Elsterhorst, gdzie żołnierze pochodzenia żydowskiego zostali oddzieleni i zmuszeni do pracy w kopalni. W styczniu 1941 wraz z pozostałymi żołnierzami pochodzenia żydowskiego został wysłany do obozu w Lublinie przy ul. Lipowej 7, należącego do SS Deutsche Ausruestungswerke (Niemieckie Zakłady Zaopatrzenia), na przełomie 1943/44 przekształconego w filię KL Majdanek. Tam, wraz z Romanem Fiszerem, Samuelem Jegerem, Samuelem Mieczysławem Gruberem, Przysuckim, Goldbergiem i Reifem stanął na czele konspiracji obozowej.

Szelubski w sierpniu lub październiku 1942 znalazł się w jednej z grup uciekinierów z obozu dowodzonej przez Wolfa Glanchera. Grupa znalazła się w okolicach Janowa Lubelskiego, około 80 km na południe od Lublina. W grupie tej uciekło wtedy 40 osób, które utworzyły oddział partyzancki, ale nie podejmowali żadnych akcji bojowych, mimo że mieli nawiązany kontakt z miejscową Armią Krajową i byli zaopatrzeni w broń od Socjalistycznej Organizacji Bojowej. Przez długi czas uważano, że w październiku 1942 w niewyjaśnionych okolicznościach grupa ta została wymordowana przez oddział Gwardii Ludowej, kierowany przez Grzegorza Korczyńskiego, lub przez podszywającą się pod podziemie niepodległościowe bandę rabunkową. W 2011 roku Dariusz Libionka w oparciu o pomijane wcześniej źródła ustalił, że za zbrodnię odpowiedzialność ponosił oddział Narodowej Organizacji Wojskowej. Z oddziału uratowała się jedna osoba oraz Szelubski, który przebywał w tym czasie w Lublinie. Zgłosił się wówczas dobrowolnie ponownie do obozu, z którego ponownie zbiegł. Trafił do Warszawy, gdzie podjął działalność drukarni w Robotniczej Partii Polskich Socjalistów, a następnie jako „Janek” w stopniu porucznika w Milicji Ludowej RPPS.

W 1943 współtworzył kilkudziesięcioosobowy oddział partyzancki Milicji RPPS w rejonie Garwolin – Puławy – Ryki, dowodzony początkowo przez Bronisława Baranowskiego „Czarny”, a następnie przez por. Jana Szelubskiego, który 23 sierpnia 1943 r. wspólnie z oddziałem Gwardii Ludowej dowodzonym przez Henryka Lejbka ps. Heniek stoczył w lasach staszyńskich (powiat Puławy) całodzienną walkę z silną obławą niemiecką, liczącą ok. 400 ludzi. Odparto ataki wroga, zabijając 8 i raniąc ok. 20 żołnierzy nieprzyjacielskich. Poległ 1 gwardzista. W oddziale tym przebywało wielu żołnierzy z września 1939 żydowskiego pochodzenia, uwolnionych przez oddział. Według Krzysztofa Dunin-Wąsowicza, powołującego się na relację Jana Mulaka, większość oddziału została wymordowana w październiku 1943 przez Narodowe Siły Zbrojne. Według Piotra Gontarczyka żydowskich partyzantów wymordowali ich współtowarzysze. Wersję tę potwierdza relacja Jana Szelubskiego z 1950. W swojej relacji Szelubski pisze jednak: „Później wyszło na jaw, że byli oni w zmowie z bandą NSZ Zagończyka”. Sprawcy zbrodni na partyzantach żydowskich, których Szelubski podaje z pseudonimów, mieli po zbrodni napaść jeszcze na oddział Gwardii Ludowej i zabić kilku partyzantów żydowskich.

Okres warszawski

Od kwietnia 1944 wraz z połączeniem części Milicji Ludowej z Armią Ludową został szefem sztabu Okręgu Warszawskiego AL, choć funkcja ta miała charakter formalny. W trakcie powstania warszawskiego początkowo z nieuzbrojoną grupą AL przebywał na terenie Elektrowni na Powiślu, a następnie jako por. „Leszek” zorganizował drużynę AL, która weszła w skład 2 plutonu „Bończa”, 1 kompanii „Bradla” w batalionie „Miłosz”, walcząc w okolicach Placu Trzech Krzyży i ul Wiejskiej. 22 września 1944 został osobiście odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari przez gen. Tadeusza Komorowskiego „Bór”, Komendanta Głównego AK. Zostało to potwierdzone rozkazem nr 453 z 24 września z uzasadnieniem: „za wyjątkową odwagę i poświęcenie się podczas walk o Warszawę”.

Po kapitulacji opuścił Warszawę z ludnością cywilną i poprzez Kraków, udał się do oddziału AL Izaaka Gutmana „Zygmunt” na Podhalu, gdzie pracował w Dowództwie AL do czasu wyzwolenia.