Kariera juniorska

W latach 2014–2016 Moukoko grał w młodzieżowym zespole FC St. Pauli, strzelił wówczas 23 gole w 13 meczach. W lipcu 2016 roku dołączył do akademii Borussii Dortmund. W drużynie „BVB” do lat 17 zagrał w 56 meczach, w których strzelił 90 goli. W 2019 roku dołączył do zespołu Borussii do lat 19. 8 listopada 2019 zadebiutował w klasie wiekowej U-19 i zdobył 6 goli w wygranym 9:2 meczu przeciwko Wuppertaler SV U-19. Łącznie w Borussii U-19 zagrał w 25 meczach, w których strzelił 47 goli. 17 września 2019 zadebiutował w Lidze Młodzieżowej UEFA w meczu przeciwko FC Barcelonie, zostając najmłodszym piłkarzem w historii, który wystąpił w tych rozgrywkach. 23 października 2019 strzelił swojego pierwszego gola w UEFA Youth League, stając się najmłodszym strzelcem gola w historii tych rozgrywek.

Kariera klubowa

Na początku kwietnia 2020 roku Deutscher Fußball-Bund obniżyło minimalny wiek dla piłkarza występującego w Bundeslidze z 17 do 16 lat. Dzień po swoich 16 urodzinach (21 listopada 2020) zadebiutował w seniorskiej piłce nożnej w wygranym 5:2 meczu przeciwko Herthcie BSC, zostając najmłodszym piłkarzem, który wystąpił w najwyższej niemieckiej klasie rozgrywkowej. 8 grudnia 2020 zadebiutował w Lidze Mistrzów UEFA, wchodząc na murawę z ławki rezerwowych w 58 minucie w wygranym 2:1 meczu przeciwko Zenitowi Petersburg, stając się najmłodszym piłkarzem, który zagrał w meczu LM. 18 grudnia 2020 Moukoko zdobył swojego pierwszego gola w Bundeslidze, stając się tym samym najmłodszym strzelcem bramki w historii tych rozgrywek. W kwietniu 2021 roku doznał kontuzji stopy, która wykluczyła go z gry do końca sezonu 2020/2021. W sezonie 2020/2021 Borussia Dortmund zwyciężyła w Pucharze Niemiec, a Moukoko, pomimo braku gry w tych rozgrywkach, otrzymał złoty medal.

7 sierpnia 2021 zadebiutował w Pucharze Niemiec, wchodząc z ławki rezerwowych w 85 minucie w wygranym 3:0 meczu przeciwko SV Wehen Wiesbaden. 17 sierpnia 2021 zagrał w przegranym 1:3 meczu z Bayernem Monachium o Superpuchar Niemiec.

Kariera reprezentacyjna

11 września 2017 Youssoufa Moukoko zadebiutował w reprezentacji Niemiec U-16 w wygranym 3:1 meczu przeciwko reprezentacji Austrii U-16. 3 września 2020 zadebiutował w reprezentacji Niemiec U-20. W marcu 2021 został powołany przez Stefana Kuntza na Mistrzostwa Europy U-21, na turnieju nie rozegrał żadnego meczu. Reprezentacja Niemiec zwyciężyła w tym turnieju, a Moukoko, pomimo braku gry w tych rozgrywkach, otrzymał złoty medal.

16 listopada 2022 zadebiutował w seniorskiej reprezentacji Niemiec w meczu przeciwko Omanowi. 10 listopada tego samego roku został powołany na Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej w 2022 roku. Zagrał w meczu z Japonią, wchodząc z ławki w 90. minucie meczu, stając się tym samym najmłodszym reprezentantem Niemiec, który zagrał na mistrzostwach świata.