Historia w XX wieku

Początki zorganizowanej działalności sportowej na Wieczystej, będącej ówcześnie przysiółkiem podkrakowskiej wsi Rakowice, datuje się na rok 1936. Wtedy to mieszkańcy zawiązali drużynę – Wieczyszczankę. Drużyna nie została zrzeszona w ramach lokalnych struktur i rozgrywała jedynie spotkania towarzyskie. Ze względu na brak materialnego oraz finansowego zaplecza Wieczyszczanka zakończyła działalność po około roku istnienia.

Kolejną próbą stworzenia struktur na terenie Wieczystej była podjęta w latach 1938–1939 reaktywacji drużyny piłkarskiej pod nazwą Ostoja. Podobnie jak i Wieczyszczanka, tak i Ostoja pozostawała drużyną niezarejestrowaną w Związku Piłki Nożnej. Funkcjonowanie klubu zakończył wybuch II wojny światowej.

W czasach okupacji niemieckiej zakazane było pod groźbą surowych represji organizowanie spotkań piłkarskich. Z uwagi na fakt, że rakowickie łąki znajdowały się na uboczu Krakowa rozgrywano tam potajemnie zawody piłkarskie, a lokalna społeczność, z inicjatywy Edwarda Ignaszewskiego, pomimo trudnych czasów, postanowiła zawiązać klub sportowy.

W latach 50. i w pierwszej połowie lat 60. zespół balansował pomiędzy rozgrywkami klasy B oraz klasy A na szczeblu okręgowym. Pewną odmianę przyniósł rok 1966, kiedy to w wyniku reorganizacji rozgrywek utworzona została III Liga ogólnopolska z podziałem na regiony. W wyniku tych organizacyjnych roszad Wieczysta została włączona w skład Ligi Okręgowej. Występy na tak wysokim szczeblu nie trwały jednak długo. W 1968 r. drużyna spadła do klasy A, a rok później znowu spadła o kolejną klasę niżej. Następne lata przyniosły sportową stabilizację w postaci regularnych występów na poziomie wyższym okręgowym.

Początek XXI wieku: między IV ligą a klasą A

Początek nowego stulecia to dla klubu występy na szczeblu wojewódzkim na czwartym poziomie rozgrywkowym. Przygoda z IV ligą nie trwała jednak długo, ponieważ w 2003 roku drużyna zajmując ostatnie miejsce została relegowana do ligi okręgowej. Przez ponad dekadę sytuacja ta utrzymywała się, a Wieczysta regularnie zajmowała pozycje w środkowej części tabeli. W sezonie 2014/2015 KS Wieczysta zajęła przedostatnie miejsce w lidze okręgowej, spadając tym samym do A klasy. Pobyt na tak niskim szczeblu nie trwał jednak długo. W drugim sezonie udało się wywalczyć awans do klasy okręgowej.

2020–2022: nowe otwarcie, Wieczysta idzie w górę

Głośno o Wieczystej zrobiło się w czerwcu 2020 roku, kiedy spory kapitał w klub zdecydował się zainwestować biznesmen Wojciech Kwiecień.

W sezonie 2020/2021 Wieczysta Kraków pod wodzą Przemysława Cecherza wygrała wszystkie 28 meczów w sezonie i z bilansem bramkowym 216:8 wywalczyła awans do IV ligi. Dołożyła również do tego zdobycie Pucharu Polski na szczeblu krakowskim (w finale pokonując 4:0 Cracovię II) oraz Puchar Polski okręgu małopolskiego (po finałowym zwycięstwie 4:0 z Popradem Muszyna.

W 2021 roku trenerem zespołu został Franciszek Smuda, a wcześniej w drużynie grali m.in. byli reprezentanci Polski Sławomir Peszko i Radosław Majewski.

W sezonie 2021/2022 Wieczysta osiągnęła swój największy sukces w historii jej występów w Pucharze Polski, dochodząc do 1/16 finału – wcześniej wygrywając puchar na szczeblu małopolskim i pokonując I-ligowego Chrobrego Głogów w pierwszej rundzie szczebla centralnego. Na drodze Wieczystej do finału stanęła Garbarnia Kraków, która pokonała zespół Smudy 5:0. Sezon ligowy klub zakończył na pierwszym miejscu w IV lidze, grupie małopolskiej zachodniej, i zakwalifikował się do baraży o udział w III lidze, grupie IV, w których zmierzył się z Bruk-Betem Termalica II Nieciecza (wygrane 4:0 i 3:0). Dodatkowo, Wieczysta zwyciężyła ten sam klub w finale Pucharu Polski na szczeblu Małopolskiego Związku Piłki Nożnej, zdobywając to trofeum drugi rok z rzędu.

Od 2022: awans do III ligi i rozczarowanie w pierwszym sezonie

Sezon 2022/2023 na szczeblu III ligi Wieczysta rozpoczęła od dwóch zwycięstw, remisu i dwóch porażek. 29 sierpnia 2022 roku, po zremisowanym, domowym spotkaniu przeciwko Stali Stalowa Wola, z klubu odszedł trener Franciszek Smuda. 31 sierpnia 2022 roku Wieczysta odpadła z Pucharu Polski, przygrywając 0:2 w meczu 1. rundy przeciwko Raduni Stężyca. 6 września 2022 roku trenerem Wieczystej został Dariusz Marzec, a 22 marca 2023 roku Wojciech Łobodziński.

Jego drużyna zanotowała rozczarowującą końcówkę sezonu. Kluczowym momentem okazała się seria pięciu z sześciu meczów bez zwycięstwa, która przyczyniła się do utraty szansy na awans po przedostatniej kolejce, kiedy promocję do II ligi zapewniła sobie Stal Stalowa Wola, a Wieczysta została jeszcze wyprzedzona przez Avię Świdnik, spadając na trzecie miejsce w tabeli przed ostatnią kolejką III ligi. W ostatnim meczu rozczarowującego sezonu (którym nie był mecz ligowy, gdyż w ostatniej kolejce Wieczysta miała podjąć ŁKS Łagów, który wycofał się z rozgrywek), na osłodę Wieczysta zwyciężyła w finale małopolskiego Pucharu Polski Spójnię Osiek-Zimnodół 5:0, co zagwarantowało jej udział w Pucharze Polski 2023/2024 na szczeblu centralnym. 14 czerwca 2023 władze Wieczystej pożegnały się z trenerem Łobodzińskim, 15 czerwca 2023 ogłaszając zatrudnienie na to stanowisko Macieja Musiała, który podpisał roczny kontrakt. 18 września 2023 Musiał został zwolniony (5 zwycięstw, 3 porażki w III lidze), tymczasowo zastąpił go zawodnik Wieczystej poprzedniego sezonu Sławomir Peszko.