Pierwsze lata

W lutym 2008 FK Krasnodar otrzymał status klubu profesjonalnego i zadebiutował w Drugiej Dywizji. Swój pierwszy w historii mecz drużyna z Krasnodaru rozegrała przeciwko zespołowi FK Nika Krasnyj Sulin. Spotkanie to zakończyło się remisem 0:0. Pierwszy pełny sezon ligowy klub zakończył na trzecim miejscu w tabeli. Pomimo tego, że klub nie uplasował się na miejscu dającym bezpośredni awans, otrzymał promocje do Rosyjskiej Pierwszej Dywizji na skutek wycofania się dwóch wyżej sklasyfikowanych drużyn.

Po dwóch latach gry na zapleczu najwyżej ligi, drużyna ostatecznie awansowała do Priemjer-Ligi. Po raz kolejny, zespół Byków, otrzymał promocje do ligi wyżej, mimo zajęcia dopiero piątego miejsca w lidze. Tym razem, wyżej sklasyfikowane drużyny Saturna Ramenskoje, Wołgi Niżny Nowogród i KAMAZ-a Nabierieżnyje Czełny odmówiły gry w Primjer-Lidze ze względu na problemy finansowe.

Drużyna prowadzona przez Slavoljuba Muslina, pomimo nierównej formy na przestrzeni całego sezonu, zakończyła debiutancki sezon na dziewiątym miejscu. W trakcie rozgrywek miały miejsce pierwsze pierwszoligowe derby Krasnodaru, które zwyciężył FK Krasnodar, pokonując w wyjazdowym spotkaniu (0:1) zespół Kubań Krasnodar.

Kolejny sezon był dla kierownictwa drużyny rozczarowujący. W styczniu 2013 klub opuścił najlepszy strzelec ostatniego sezonu, ormianin Jura Mowsisjan, dołączając do Spartaka Moskwa. Osłabiona drużyna prezentował się znacznie słabiej niż rok wcześniej, co przyczyniło się do zwolnienia szkoleniowca drużyny Slaboljuba Muslina wraz z końcem sezonu.

Nowe otwarcie

W sierpniu 2013 roku nowym trenerem drużyny został Rosjanin Oleg Kononow. Decyzja ta połączona ze sprowadzeniem do zespołu zawodników o uznanej marce jak Andreas Granqvist, Ari, Artur Jędrzejczyk czy Jurij Gazinski - przyniosła znaczną poprawę w grze zespołu. Sezon 2013/2014 był przełomowym dla klubu z Krasnodaru. Zespół zakończył rozgrywki ligowe na rekordowym piątym miejscu, co umożliwiło Bykom grę w europejskich pucharach w kolejnym sezonie. Ponadto drużyna świetnie spisywała się w Pucharze Rosji, dochodząc do jego finału, który po serii rzutów karnych przegrała z FK Rostów. Sezon 2014/2015 klub zakończył na najniższym stopniu ligowego podium, pechowo tracąc drugie miejsce w tabeli, dopiero w ostatniej kolejce. Byki po raz pierwszy zakwalifikowały się do fazy grupowej Ligi Europy sezonu 2014/2015, pokonując w eliminacjach estoński Sillamäe Kalev, węgierski Diósgyőri VTK i hiszpański Real Sociedad. W fazie grupowej Rosjanie zdobyli sześć punktów, które jednak nie przełożyły się na promocję do rundy play-off.

Pasmo sukcesów

Kolejne lata sezony potwierdziły wysokie aspiracje zespołu. Drużyna regularnie walczyła o najwyższe ligowe pozycje, śmiało radząc sobie w europejskich pucharach.

Prowadzeni przez byłego reprezentanta kraju Igora Szalimowa, krasnodarczycy po raz pierwszy dotarli do 1/8 finału Ligi Europy (2016/2017), odpadając w dwu meczach z hiszpańską Celtą Vigo. Czołowymi piłkarzami zespołu w tym okresie był rosyjski napastnik Fiodor Smołow, dwukrotny ligowy król strzelców, ofensywny pomocnik Viktor Claesson czy Charles Kaboré.

Gra z najlepszymi

W sezonie 2020/2021 Byki, po raz pierwszy awansowały do Ligi Mistrzów. Cel udało się osiągnąć po wyeliminowaniu greckiego PAOK-u w rundzie play-off. Zarówno domowe, jak i wyjazdowe spotkanie zakończyło się zwycięstwami 2:1 dla FK Krasnodaru. Krasnodarczycy, w swoim debiutanckim sezonie znaleźli się w grupie E, w której spotkali się z londyńską Chelsea, hiszpańską Sevillą oraz francuskim Stade Rennais. Jedno zwycięstwo, w domowym spotkaniu z Stade Rennais i dwa remisy przełożyły się na zajęcie trzeciego miejsca w grupie, co dało promocję do wiosennych gier w Lidze Europy. W rundzie play-off Byki odpadły po spotkaniach z chorwackim Dinamem Zagrzeb, przegrywając spotkanie domowe (2:3) jak i wyjazdowe (0:1).

Skład

Stan na 8 września 2023