Mutacje niealleliczne – mutacje powstające w różnych genach i nieprowadzące do powstania alleli jednego genu. Mutacje te mogą się ujawniać lub mogą ulegać zamaskowaniu.

Znaczenie mutacji nieallelicznych w dziedziczeniu wielogenowym:
Załóżmy, że na ekspresję danej cechy wpływa cały, konkretny odcinek DNA składający się z dwóch (lub więcej) genów, które w tym wypadku stanowią jedną genetyczną jednostkę funkcjonalną, a mutacja w którymkolwiek z loci może spowodować zmianę ekspresji tej cechy. Dzieje się tak na przykład wtedy, gdy do pełnego ujawnienia cechy potrzebne jest współdziałanie dwóch lub więcej enzymów. Obecność "dzikiej" (normalnej) jednostki funkcjonalnej (niezawierającej zmutowanych genów i wytwarzającej wszystkie enzymy) w drugim chromosomie homologicznym mutacje te maskuje (komplementacja genetyczna). Gdy zmutowane allele znajdują się na różnych chromosomach homologicznych to żaden z chromosomów nie ma w pełni funkcjonalnego zestawu genów, a wówczas mutacja może się ujawnić.