Formuła 3

Hiszpan karierę rozpoczął w roku 1998, od startów w kartingu. W 2004 roku przeszedł do wyścigów samochodów jednomiejscowych, debiutując w Hiszpańskiej Formule 3. Wygrawszy jeden wyścig, zmagania zakończył na 9. miejscu. W drugim sezonie startów reprezentował konkurencyjny zespół Racing Engineering. W ciągu czternastu wyścigów, sześciokrotnie stanął na podium, z czego dwukrotnie na najwyższym stopniu. Uzyskane punkty pozwoliły Javierowi zająć w klasyfikacji końcowej 4. pozycję. W roku 2006 po raz ostatni pojawił się w tej serii. Wystąpił wówczas w dwóch wyścigach, spośród których raz dojechał w pierwszej trójce. Zdobyte punkty pozwoliły Villi na zajęcie 15. lokaty, w generalnej klasyfikacji.

Seria GP2

Dobre wyniki zaowocowały kontynuowaniem współpracy z tym teamem, w samym przedsionku Formuły 1 - serii GP2. Niewielkie doświadczenie odbiło jednak piętno na rezultatach. W ciągu dwudziestu jeden wyścigów, ani razu nie sięgnął po punkty, najlepiej spisując się podczas pierwszych wyścigów, na torze Monza i Hockenheimring, gdzie zajął dziewiątą pozycję.

Sezon 2007 był najlepszym w karierze Hiszpana, w tej serii. W tym czasie dwunastokrotnie dojechał na punktowanym miejscu, z czego pięć razy na podium (w tym trzy zwycięstwa). Uzyskane punkty sklasyfikowały na go na wysokim 5. miejscu.

Po obiecującym roku, w kolejnym Villa nie prezentował najlepszej formy. Podczas gdy jego partner Giorgio Pantano wywalczył tytuł mistrzowski, on tylko pięciokrotnie zdobył punkty, ani razu przy tym nie będąc w pierwszej trójce. Ostatecznie rywalizację ukończył na odległej 17. lokacie. Słabe wyniki doprowadziły do opuszczenia przez Javiera hiszpańskiej ekipy.

W przerwie zimowej podpisał kontrakt z brytyjską stajnią Super Nova Racing, na starty w Azjatyckiej GP2. W ciągu jedenastu wyścigów, trzykrotnie sięgnął po punkty, z czego raz dojechał na trzecim miejscu (w drugim wyścigu w Chinach uzyskał również najszybsze okrążenie). Dorobek dwunastu punktów pozwolił Villi zająć w klasyfikacji 10. pozycję.

Współpracę z zespołem kontynuował w głównym cyklu. W ciągu dwudziestu wyścigów, ośmiokrotnie sięgnął po punkty, w tym trzykrotnie stanął na podium. Podobnie, jak w zimowej edycji, zmagania zakończył na 10. miejscu.

W okresie posezonowym zawarł umowę z holenderską ekipą Arden International, w zimowym cyklu, począwszy od drugiej rundy sezonu. Spośród sześciu wyścigów, tylko raz nie dojechał na punktowanej pozycji. Najlepiej spisał się podczas pierwszej rundy, w Bahrajnie, kiedy to dwukrotnie zajął trzecią lokatę. Zdobyte punkty sklasyfikowały Javiera na świetnej 4. pozycji.

International GT Open

W sezonie 2008 Javier wziął udział w jednym wyścigu International GT Open, jednakże bez sukcesu.