Lata 2001-2007

Od sezonu 2001/02 Holstein Kiel występowało w Regionallidze (3. poziom rozgrywek). Najczęściej kończyło rozgrywki w środku stawki (oprócz sezonu 2005/06, który zakończyli na 4. miejscu). W sezonie 2006/07 zajęli 15. miejsce, które oznaczało spadek do Oberligi.

Lata 2007-2013

W sezonie 2007/08 drużyna z Kilonii zajęła 1. miejsce, jednak w wyniku reformy piłkarskiej w Niemczech (utworzenie 3. Ligi - trzeciego poziomu rozgrywek w miejsce Regionalligi, która stała się czwartym poziomem) pozostała na 4. poziomie rozgrywkowym. Już sezon później zajęli 1. miesjsce i awansowali do 3. Ligi. Spadli z niej już po 1 sezonie, zajmując 19. miejsce. Po sezonie 2012/13 i zajęciu pierwszego miejsca w Regionallidze Nord, Holstein Kiel awansowało do 3. Bundesligi.

Lata 2013-2017

Swój pierwszy sezon na 3. poziomie od 3 lat Holstein Kiel zakończyło na 16. miejscu. Następny sezon zakończyli na 3. miejscu, dzięki czemu wystąpili w barażach o awans do 2. Bundesligi. Tam jednak przegrali z TSV 1860 Monachium 2:1 w dwumeczu. Po słabszym sezonie 2015/16, następny sezon dał drużynie awans do 2. Bundesligi. Sezon 2016/17 zakończyli na 2. miejscu z punktem straty do zwycięzcy ligi - MSV Duisburg.

Od 2017

Jako beniaminek 2. Bundesligi w sezonie 2017/18 zajęli 3. miejsce, dająca prawo gry w barażach o Bundesligę. Tam zmierzyli się z zespołem VfL Wolfsburg, z którym przegrali 2:0 w dwumeczu. Podobny rezultat osiągnęli w sezonie 2020/21, w którym także zajęli 3. miejsce i zmierzyli się w barażach z 1. FC Köln, który przegrali w dwumeczu 2:5. Po drodze drużyna z północnych Niemiec zajmowała pozycje: 6. w sezonie 2018/19 i 11. w sezonie 2019/20. Sezon 2021/22 poszedł już gorzej, gdyż zajęli 9. lokatę z dorobkiem 45 punktów.

W sezonie 2020/21 drużyna odniosła sensacyjne zwycięstwo z Bayernem Monachium – obrońcą tytułu Pucharu Niemiec i zwycięzcą Ligi Mistrzów z sezonu 2019/20. W drugiej rundzie pucharu Niemiec wygrali oni po serii rzutów karnych. Ostatecznie dotarli do półfinału, gdzie odpadli z Borussią Dortmund (0:5).

Sezon 2023/24 okazał się przełomowy dla drużyny z północy Niemiec. W przedostatniej kolejce 2. Bundesligi, Holstein Kiel zremisowało z Fortuną Düsseldorf, co pozwoliło im na uzyskanie pierwszego w historii awansu do Bundesligi. Stał się on 58. klubem w historii, który zyskał prawo do gry w najwyższej lidze w Niemczech.